查看原文
其他

生信宝典文章集锦

2017-08-10 生信宝典 生信宝典

最近团队活动,去了趟草原,看看天,爬爬山,溜溜弯,放放马;没抽出时间继续更新,先整理下历史文章,不然慢慢都沉下去了,不方便看到。

这些文章当时设计的原则是:简单易懂,方便入门,快速提高。每篇文章都从最基础处落脚,整理出学习过程中遇到的坑、走过的弯路和提出的解决思路,分别列在不同的系列中(系列性文章最好从头看)。每部分都提供了测试数据、运行命令和示例结果,是学习使用必备宝典。

但根据大家在实际使用中的反馈来看,文章中确实还有不少介绍的不到位的地方。我们会根据反馈,逐渐完善之前漏掉的知识点,讲解不够细致的地方,还希望大家继续提出更多的意见和想要一起学习的部分。我们会根据安排逐步更新。

生物信息的学习不会是一蹴而就的,需要一定时间静下心来好好的练习、思考,理解手上正在做的东西。现在有些流程或软件,点一点就可以出结果,但如果对背后的原理、机制不了解,操作起来也会比较茫然。我们不提倡重复造轮子(开发新工具),但鼓励知道轮子制造背后的原理。这样在正确使用工具、调整参数时更有底气,也对结果更有把握。

公众号现有内容都是生信分析的基础,再完善几个部分,就算告一段落了。后期将以实战分析、文章解读、文章还原、生信教程集锦为主要任务,提供更多干货。

程序学习心得

Linux 学习

R统计和作图

NGS基础

Python学习

NGS软件

Cytoscape网络图

分子对接

生信宝典之傻瓜式

生信人写程序

招聘


“宏基因组”文章目录

软件和数据库使用

SILVAngs: 扩增子16S/18S免费在线分析
antiSMASH: 微生物次生代谢物基因簇查询和预测
微生物网络构建:MENA, LSA, SparCC和CoNet
Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达  

测序分析常用图表解读

1箱线图:Alpha多样性,老板再也不操心我的文献阅读
2散点图:Beta多样性,组间整体差异分析
3热图:差异菌、OTU及功能
4曼哈顿图:差异OTU或Taxonomy
5火山图:差异OTU数量及变化规律
6韦恩图:比较组间共有和特有OTU或分类单元
7三元图:美的不要不要的,再多用也不过分
8网络图:节点OTU或类Venn比较

科研经验

1云笔记积累个人知识体系
2云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台
3公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口
宏基因组14天原创-诚邀同行共享研究经验
如何注册一个名字好记的公众号  

文献笔记

Nature Review:Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
Nature:功能微生物组—甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
Nature: 植物微生物组开山—拟南芥根微生物组的结构和组成
Microbiome: 简单套路发高分文章—白杨内生和根际微生物组结构  

QIIME2教程

1简介和安装
2人体微生物组分析实战Moving Pictures
3粪便菌群移植分析实战FMT
4沙漠土微生物组分析实战Atacama soil
5数据导入  6数据导出  7实验设计编写 
8数据筛选  9训练物种分类器

QIIME

1虚拟机安装  2Docker安装  3管理员安装  


您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存